《口袋妖怪：究极绿宝石3》是一款玩家自制以究极绿宝石为背景的动作冒险游戏，玩家在游戏中可以操控你的角色捕捉不同类型的精灵宝可梦，打败所有训练家成为冠军。
因父亲在丰缘地区任职道馆馆主而从城都地区搬来的主角，在未白镇与宝可梦博士小田卷的孩子一同踏上了旅行。冒险途中，主角遇到了想要扩大海洋的海洋队和想要扩大陆地的熔岩队。熔岩队老大赤焰松用朱红色宝珠释放了固拉多，但却未能成功控制。为了控制固拉多并满足自己扩大陆地的野心，熔岩队尝试抢夺绿岭宇宙中心的火箭燃料，并利用它们让烟囱山喷发。然而一波未平，一波又起。
在主角和大吾一同成功控制了绿岭宇宙中心的局面后，海洋队老大水梧桐在海底洞窟用靛蓝色宝珠唤醒了盖欧卡。固拉多和盖欧卡的争斗引起了丰缘地区东部海洋天气陷入异常，时而烈焰当空，时而狂风暴雨。为了平息固拉多和盖欧卡的争斗，主角需要前往天空之柱唤醒烈空坐并寻求它的帮助。主角能否力挽狂澜，平息超古代宝可梦所带来的灾难，并到达彩幽市的宝可梦联盟，成为新一代的冠军呢？
1号技能机~90号技能机在水静市百货商店有卖
No.91光栅加农：126航道左下角潜水；
No.92戏法空间：绿岭市宇宙中心下方；
No.93疯狂伏特：新紫堇开关处附近；
No.94秘密之力：111道路一个男孩对话；
No.95大声咆哮：103道路刚开始劲敌站的地方右边砍树；
No.96自然之力：橙华道馆上方；
No.97恶之波动：天气研究所上方；
No.98增强机：106航道某处陆地；
No.99魔法闪耀：飞行道馆上方；
No.100蜜语：凯那市集市左上角。
1、全国图鉴不需要通信即可获得。
2、由于源代码使用《火红／叶绿》修改，因此游戏的绘图和建筑与《红宝石／蓝宝石》有些许差异。
3、《绿宝石》包含《火红／叶绿》的所有道具数据，以防止出现《红宝石／蓝宝石》因无《火红／叶绿》新增道具而引发崩溃的问题。
4、增加同《火红／叶绿》一样的无线联机功能，以及无线联机游戏的游戏角。
5、所有的宝可梦都有了动画。
6、可以与所有道馆馆主再战，且可以进行双打对战。
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